Kościół został zbudowany na początku XII wieku w czasie wypraw krzyżowców. Po klęsce którą ponieśli krzyżowcy w walce Karnej Hitin w 1187 roku . Kościół został przebudowany na meczet.
W XVIII Franciszkanie dostali prawa opieki nad kościołem od Państwa Osmańskieg . Kościół został odnowiony i Chrześcijanie zaczęli go odwiedzać, początkowo z okazji Dnia Świętego Piotra, a następnie regularnie. W 1833 r. Przywieziono na miejsce dokładną replikę figury św. Piotra autorstwa Arnolfa di Cambio na stałe umieszczoną w bazylice św. Piotra w Watykanie, aw 1847 r. Wznieśli klasztor w pobliżu kościoła. W 1870 r. Zbudowano obecny front kościoła W 20 wieku kościół przeszedł na własność Franciszkanów . . Po II wojnie światowej wzniesiono mur pamięci, przedstawiający różne motywy związane z Kościołem katolickim w Polsce i skupiający się na wizerunku Czarnej Madonny Częstochowskiej. Żołnierze wojska Andersa stacjonujący w Ziemi Świętej opiekowali się kościołem i ustawili na miejscu kaplicę z Godłem Polski .Zgodnie z tradycją żydowską kościół ten został zbudowany nad synagogą przypisaną Szali, w wyniku czego powstało wiele pytań dotyczących pytania, do kogo należy ten budynek. Ponoć jest w kościele pokój z przedmiotami Shalah idziś, istnieje, mykwa.